除傳統的常規分析方法外，儀器分析方法逐漸成為食品衛生檢驗主要的手段,包括分光光度法、原子熒光光譜法、電化學法、原子吸收光譜法、氣相色譜法、高效液相色譜法等。以上檢驗方法按照檢驗項目，大致可以分為無機成分分析方法和有機成分分析方法。

　　食品檢測采用的原子光譜法由于其*的優點，成為無機成分分析方法中主要、常用和值得信賴的分析方法。原子光譜法具有分析速度快、設備費用較低、操作比較簡單以及檢驗結

　　果受操作人員熟練程度影響小等優點。紫外可見分光光度法歷史悠久，應用廣泛。根據統計，在分析化學面臨的任務中，將近50%的檢驗由紫外可見分光光度法完成。這種方法的大特點是儀器簡單、操作簡便。食品中無機成分的檢驗在食品安全檢驗中占有相當重要的地位。

　　比如汞的測定，一直是一個被政府和民眾特別關注的檢驗項目。因為汞容易在生物體中傳遞，可以被水體蓄積。汞進入人體內，特別是進入人腦后幾乎不能夠被排出，蓄積到一定程度就會引起中毒，損害中樞神經。汞的分析一般由原子吸收或原子熒光光譜法完成。有機成分的分析一般由氣相色譜或高效液相色譜法以及分子光譜法完成。相關檢驗中，特別是農藥殘留,如有機氯、苯并(a)芘、擬除蟲菊酯、有機磷等的測定得到普遍的關注。

　　食品檢測也可采用色譜法，它是分離混合物和鑒定化合物的一種十分有效的方法，既能鑒定化合物又能準確測定含量,操作也相對方便。具有分離效能高、分析速度快、靈敏度高、定量結果準確和易于自動化等特點，因此在有機成分的檢驗中得到廣泛的應用。在分子光譜法中紅外光譜法應用較為廣泛。通常情況下，紅外光譜法與拉曼光譜法等其他分析方法結合使用，可作為鑒定化合物、測定分子結構的主要手段。